Введение
Глава 1. Обзор литературы
1.1. Центральная роль белка RecA в гомологической рекомбинации 13
1. 2. Структурные особенности белка RecA 15
1.3.1 Афинность RecA к оцДНК 20
1.3.2 Взаимодействие белка RecA с дцДНК 23
1.3.3 Сборка и разборка мономеров RecA в филаменте 26
1.4. ДНК-зависимый гидролиз АТФ 32
1.5. Перенос гомологичной нити ДНК 37
1.6.1 Метаболизм клетки в ходе SOS ответа 42
1.6.2 Белки RecBCD и RecFOR систем рекомбинации 45
1.6.3 Конститутивный SOS-ответ 49
1.6.4 Белок RecX и его роль в гомологической рекомбинации 55
1.7.1 Конъюгационная рекомбинация 55
1.7.2 Направленная эволюция рекомбиногенности в ходе конъюгации 58
1.7.3 Роль RecA в радиорезистентности и направленная эволюция 61
1.8. RecA из экстремофильной бактерии Deinococcus radiodurans 67
1.9. Антибактериальные препараты на основе ингибиторов SOS ответа69
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Бактериальные штаммы и плазмиды 73
2.12 Среды 74
2.13 Ферменты и реактивы 74
2.14 Манипуляции с ДНК 75
2.2. Рекомбинационный тест 75
2.21 Определение частоты рекомбинационных обменов 77
2.22 SOS-хромотест 78
2.23 Выживаемости клеток в зависимости от дозы УФ-излучения 79
2.4. Подготовка ДНК для исследования рекомбиназных активностей 80
2.5. Трансформация компетентных клеток пламидной ДНК 81
2.6. Подготовка хроматографических носителей к выделению белков 81
2.6.1 Выделение и очистка белков 85
2.7. Реакции, катализируемые белками RecA 87
2.8. Статистическая обработка результатов 90
Глава 3. Результаты и обсуждение
3.1. Коньюгационная гиперрекомбинация 91
3.1.2 Связь рекомбиногенности и экспрессии SOS-функции 98
3.1.3 Биохимические особенности белков RecAPa и RecA53 100
3.1.4 RecAD112R зависимая рекомбиногенность 110
3.2. Негативная селекция гиперрекомбиногенного фенотипа 112
3.3.1 Белок RecX – индуцируемая гипорекомбиногенность 123
3.3.2 Молекулярные механизмы подавления рекомбинации белком RecX 128
3.3.3 Сопоставление данных механизма подавления с данными компьютерного моделирования комплекса RecA::оцДНК::RecX 137
3.3.4 Комплементация белков RecXDr и RecXEc in vitro и in vivo 139
3.3.5 Исследование ДНК-RecADr комплекса с помощью одномолекулярной техники 144
3.4.1 Молекулярная структура RecX-RecA-ДНК комплекса 148
3.4.2 Анализ функциональной активности модифицированных -спиральных участков белка RecX 149
Заключение 164
Выводы 167
Список публикаций по теме диссертации 169
Литература 173
Благодарности 205
